| 1990年10月 | 東京都渋谷区代々木三丁目31番12号において、人材採用コンサルティングサービスを提供することを目的として、株式会社サブ・アンド・リミナルを設立 |
| 1992年7月 | 本社を東京都渋谷区代々木二丁目10番４号に移転 |
| 1993年10月 | ＤＭ事業（ダイレクトメール発送代行）を開始 |
| 1995年10月 | 本社を東京都渋谷区代々木二丁目13番４号に移転 |
| 1997年4月 | 本社を東京都新宿区新宿四丁目２番18号に移転 |
| 1999年3月 | 本社を東京都新宿区西新宿二丁目６番１号に移転 |
| 2000年3月 | 株式会社セプテーニに社名を変更 |
| 2000年4月 | インターネット広告事業を開始 |
| 2001年8月 | 株式を店頭市場（ジャスダック）に登録 |
| 2001年9月 | アクセルマーク株式会社（当時の社名：株式会社ハイジ）を子会社化 |
| 2002年3月 | 本社を東京都新宿区西新宿一丁目６番１号に移転 |
| 2003年9月 | 本社を東京都新宿区西新宿六丁目８番１号に移転 |
| 2004年6月 | トライコーン株式会社を子会社化 |
| 2006年4月 | 株式会社セプテーニ・ダイレクトマーケティング設立 |
| 2006年10月 | 持株会社体制へ移行し、社名を株式会社セプテーニ・ホールディングスに変更するとともに、インターネット広告事業を新設分割によって「株式会社セプテーニ」に、ＤＭ事業を吸収分割によって「株式会社セプテーニ・ダイレクトマーケティング」にそれぞれ承継させる |
| 2007年4月 | 本社を東京都新宿区大京町24番地に移転 |
| 2011年10月 | アクセルマーク株式会社とエフルート株式会社の２社が合併 |
| 2011年12月 | 本社を東京都新宿区西新宿八丁目17番１号に移転 |
| 2013年2月 | コミックスマート株式会社を設立し、マンガコンテンツ事業を開始 |
| 2014年10月 | 株式会社セプテーニ・ダイレクトマーケティングの全株式を譲渡 |
| 2016年10月 | Septeni Asia Pacific Pte. Ltd.を通じて、Lion Digital Global LTDの株式を取得し子会社化 |
| 2016年11月 | アクセルマーク株式会社の株式を一部譲渡し、持分法適用関連会社化 |
| 2018年10月 | 株式会社電通（現商号 株式会社電通グループ）との間で資本業務提携契約を締結 |
| 2019年3月 | アクセルマーク株式会社を持分法適用関連会社から除外 |
| 2021年4月 | 株式会社Pharmarketの全株式を譲渡 |
| 2021年10月 | 株式会社電通グループとの間で新たな資本業務提携契約を締結 |
| 2022年1月 | 株式会社電通グループに対して第三者割当増資を行い、同社は当社の親会社となる 株式会社電通ダイレクトを株式交換により子会社化 株式会社電通デジタルの株式を一部取得し、持分法適用関連会社化 |
| 2022年4月 | 東京証券取引所の市場区分の見直しにより、東京証券取引所スタンダード市場へ移行 |
| 2023年12月 | コミックスマート株式会社の持続的な成長及び事業価値の最大化のため、当社は、2023年12月19日開催の取締役会において、当社が保有するコミックスマート株式116,400株のうち74,000株を売却することを決議（譲渡日は2024年３月29日を予定） |