| 1937年10月 | 東京市麹町区において資本金3,500万円をもって創立 |
| 1950年2月 | 「日本通運株式会社法を廃止する法律」の施行により一般商事会社となる 東京証券取引所に株式を上場 |
| 1958年10月 | 株式会社日通保険総代理社を設立(現・ＮⅩ商事株式会社)(現・連結子会社) |
| 1962年7月 | 米国日本通運(現・ＮⅩアメリカ)株式会社(現・連結子会社)設立 |
| 1977年6月 | オランダ日本通運(現・ＮＸオランダ)株式会社(現・連結子会社)設立 |
| 1979年6月 | 香港日本通運(現・ＮＸ香港)株式会社(現・連結子会社)設立 |
| 1995年1月 | 天宇客貨運輸服務有限公司(現・ＮＸ国際物流(中国)有限公司)(現・連結子会社)設立 |
| 2003年7月 | 本社を東京都港区に移転 |
| 2006年10月 | 日通キャピタル(現・ＮＸキャピタル)株式会社(現・連結子会社)設立 |
| 2009年4月 | 宅配便事業を分割(承継会社：ＪＰエクスプレス株式会社) |
| 2011年9月 | 欧州日本通運(現・ＮＸ欧州)有限会社(現・連結子会社)設立 |
| 2012年2月 | 南アジア・オセアニア日本通運(現・ＮＸ南アジア・オセアニア)株式会社(現・連結子会社) 設立 |
| 2013年12月 | 日通ＮＥＣロジスティクス株式会社(現・連結子会社)株式取得 |
| 2014年1月 | 日通・パナソニック ロジスティクス(現・ＮＸ・ＮＰロジスティクス)株式会社(現・連結子会社)株式取得 |
| 2015年12月 | 株式会社ワンビシアーカイブズ(現・ＮＸワンビシアーカイブズ)(現・連結子会社）株式取得 |
| 2021年3月 | 日通商事(現・ＮＸ商事)株式会社のリース事業を分割(承継会社：日通リース＆ファイナンス株式会社(現・ＮＸ・ＴＣリース＆ファイナンス株式会社))(現・持分法適用関連会社) |
| 2021年12月 | 本社を東京都千代田区(現住所)に移転 |
| 2022年1月 | 持株会社体制への移行に伴い、完全親会社のNIPPON EXPRESSホールディングス株式会社を設立 |
| 2022年4月 | 東京証券取引所の市場区分見直しにより、東京証券取引所の市場第一部からプライム市場に移行 |