| 2001年5月 | MIT発のバイオベンチャーとして米国において3-D Matrix,Inc.（現連結子会社）設立 |
| 2003年4月 | 米国3-D Matrix,Inc.が、MITとの間で自己組織化ペプチド（＊）技術に係るライセンス契約を締結 |
| 2004年5月 | 自己組織化ペプチド技術の日本における事業化を目的として㈱スリー・ディー・マトリックス・ジャパンを設立 |
| 2007年10月 | 米国3-D Matrix,Inc.を子会社化 |
| 2008年3月 | 商号を㈱スリー・ディー・マトリックスに変更 |
| 2010年8月 | 第一種医療機器製造販売業許可を取得 |
| 2011年10月 | 大阪証券取引所（現東京証券取引所）JASDAQ（グロース）に株式を上場 |
| 2012年4月 | フランスに、当社100％出資の子会社として3-D Matrix Europe SAS.を設立 |
| 2012年10月 | 医療機器の品質マネジメントシステムのための国際標準規格「ISO13485」を取得 |
| 2014年1月 | 欧州において吸収性局所止血材のCEマーキング指令適合認証を取得 |
| 2015年2月 | 米国において創傷治癒材の市販前届出510(k)承認を取得 |
| 2016年1月 | オーストラリアにおける吸収性局所止血材の医療機器製品登録承認を取得 |
| 2017年4月 | 中国でのライセンス許諾契約を締結 |
| 2018年10月 | 欧州における吸収性局所止血材の後出血予防材の適応追加の承認の取得 |
| 2019年4月 | 米国における耳鼻咽喉科領域の癒着防止材兼止血材の製造販売承認を取得 |
| 2019年6月 | FUJIFILM Europe B.V.と消化器内視鏡分野において吸収性局所止血材の欧州全域における独占販売契約を締結 |
| 2019年9月 | オーストラリアにおける吸収性局所止血材の後出血予防材の適応追加の承認の取得 |
| 2020年7月 | 日本における吸収性局所止血材の製造販売承認を取得 |
| 2020年9月 | 医薬品販売業許可を取得 |
| 2021年3月 | 高度管理医療機器販売業・貸与業許可を取得 |
| 2021年5月 | 日本における粘膜隆起材の製造販売承認を取得 |
| 2021年6月 | 米国における吸収性局所止血材の市販前届出510(k)承認を取得 |
| 2022年4月 | 米国における粘膜炎の創傷治癒材の市販前届出510(k)承認を取得 東京証券取引所の市場区分の見直しにより、東京証券取引所JASDAQ（グロース）からグロース市場に移行 |
| 2024年5月 | 欧州における次世代止血材の製造販売承認を申請 |