| 2002年3月 | 毛髪再生療法の事業化を目的として株式会社エピフェニックスを資本金1,000万円で東京都文京区に設立 |
| 2003年3月 | 商号を株式会社フェニックスバイオに変更 |
| 2003年5月 | 本店を広島県東広島市に移転 |
| 2003年7月 | 本社を広島大学インキュベーションセンター（現 広島大学産学連携センターインキュベーションオフィス）に移転 |
| 2003年10月 | キメラマウス実験室を広島テクノプラザ（東広島市）に開設しPXBマウス事業を開始 |
| 2006年12月 | 株式会社ワイエス研究所の株式を100％取得し完全子会社化 |
| 2007年3月 | 本社を広島県東広島市鏡山三丁目４番１号に移転 株式会社ワイエス研究所を吸収合併し、宇都宮事業所の開設及び遺伝子改変動物事業を開始 |
| 2007年8月 | 本店を広島県東広島市鏡山三丁目４番１号に移転 |
| 2009年5月 | 米国ニューヨーク州にニューヨーク支店を開設 |
| 2010年8月 | ニューヨーク支店を閉鎖し、完全子会社PhoenixBio USA Corporation（現 連結子会社）を米国ニューヨーク州に設立 |
| 2014年3月 | 遺伝子改変動物事業を会社分割により株式会社特殊免疫研究所へ承継 |
| 2016年1月 | 完全子会社CMHL Consortium LLC（現 連結子会社）を米国デラウェア州に設立 |
| 2016年3月 | 東京証券取引所マザーズに株式を上場 |
| 2017年11月 | KMT Hepatech,Inc.（現 連結子会社）の株式取得 |
| 2022年4月 | 東京証券取引所の市場区分の見直しにより、マザーズ市場からグロース市場に移行 |