| 1999年6月 | 環境分野にバイオテクノロジーを応用する研究開発会社として、株式会社エンバイオテック・ラボラトリーズ（現：当社）を東京都江東区に設立 |
| 2003年1月 | 土壌汚染の調査、浄化工事の設計・施工、施主へのリスクコンサルティングの提供を目的とした株式会社アイ・エス・ソリューション（現：株式会社エンバイオ・エンジニアリング）を100％子会社として設立（資本金4,000万円） |
| 2005年3月 | 本社事務所を東京都千代田区へ移転 |
| 2006年8月 | 土壌調査・浄化工事用の専門機器、資材の輸入販売を目的とした株式会社ランドコンシェルジュ（現：株式会社エンバイオ・エンジニアリング）を100％子会社として設立（資本金500万円） |
| 2009年3月 | グループの事業を土壌汚染対策関連の事業に集中するために環境用バイオアッセイ事業を営業譲渡。当社は、土壌汚染対策関連事業を営む企業集団を統括する持株会社となる |
| 2010年3月 | 土壌汚染が懸念される土地(ブラウンフィールド(注))の流動化を目的とした売買や有効活用支援サービスを提供する株式会社ビーエフマネジメント（現：株式会社エンバイオ・リアルエステート）を100％子会社として設立（資本金1,000万円） |
| 2010年6月 | 社名を株式会社エンバイオ・ホールディングスに変更 |
| 2014年3月 | 東証マザーズに株式を上場 |
| 2015年3月 | ヴェガ・ソーラー合同会社を95％子会社として設立 |
| 2016年3月 | アルタイル・ソーラー合同会社を95％子会社として設立 |
| 2016年5月 | YAMAテック株式会社（現：株式会社エンバイオ・エンジニアリング）を連結子会社化 |
| 2016年9月 | ソーラー年金株式会社の株式取得により同社を連結子会社化 |
| 2016年10月 | 太陽光パーク２合同会社の持分取得により同社を連結子会社化 |
| 2017年3月 | 太陽光パーク２合同会社の持分追加取得により同社を100％連結子会社化 |
| 2017年4月 | YAMAテック株式会社の株式追加取得により同社を100％連結子会社化 |
| 2017年5月 | ソーラー年金株式会社の株式追加取得により同社を100％連結子会社化 |
| 2017年11月 | 株式会社土地再生不動産投資（現：株式会社土地再生投資）を60％子会社として設立 |
| 2018年2月 | 恩拜欧（南京）環保科技有限公司を100％子会社として設立 |
| 2018年4月 | 当社の連結子会社である株式会社アイ・エス・ソリューション、株式会社ランドコンシェルジュ及びYAMAテック株式会社が合併し、株式会社エンバイオ・エンジニアリングに商号変更 |
| 2019年4月 | 太陽光パーク２合同会社がEnbio Middle East FZE LLCを100％子会社として設立 |
| 2019年7月 | Enbio Middle East FZE LLCがEnbio Lel Taqa FZC LLCを80％子会社として設立 |
| 2021年9月 | 株式会社エンバイオＣ・エナジーを85％子会社として設立 |
| 2022年4月 | 東京証券取引所の市場区分の見直しにより、東証マザーズからグロース市場に移行 |
| 2022年7月 | MaF合同会社の持分90％を取得 |
| 2023年7月 | 株式会社エンバイオＣ・エナジーの株式追加取得により同社を100％連結子会社化 |
| 2024年1月 | Enbio Middle East FZE LLCがDEFNE ENERGY INVESTMENT INDUSTRY TRADE LIMITED（現・非連結子会社）の持分60％を取得 |
| 2024年5月 | 東京証券取引所スタンダード市場に上場市場を変更 |