| 1942年6月 | 埼玉県本庄町（現 本庄市）に本庄工場（当時）を開所 |
| 1944年12月 | 日本衛材株式会社と合資会社桜ヶ岡研究所を合併し存続会社を「日本衛材株式会社」として新出発。本社を東京都小石川区竹早町（現 文京区小石川）におく |
| 1955年5月 | 社名を現在の「エーザイ株式会社」に変更 |
| 1961年9月 | 東京証券取引所市場第一部に上場 |
| 1965年7月 | 三生製薬株式会社（後にサンノーバ株式会社に改称）に経営参画 |
| 1966年3月 | 岐阜県川島町（現 各務原市）に川島工場（現 川島工園）を開所 |
| 1979年9月 | シンガポールにアジア持株会社（Eisai Asia Regional Services Pte. Ltd.）を設立 |
| 1981年11月 | 埼玉県美里村（現 美里町）に美里工場を開所 |
| 1982年1月 | 茨城県豊里町（現 つくば市）に筑波研究所を開所 |
| 1983年10月 | 茨城県波崎町（現 神栖市）にエーザイ化学株式会社（現 鹿島事業所）を設立 |
| 1987年11月 | 米国にEisai Research Institute of Boston, Inc.（当時）を設立 |
| 1989年9月 | ドイツにEisai Deutschland GmbH（現 Eisai GmbH）を設立 |
| 1990年8月 | 英国にEisai London Research Laboratories Ltd.（現 Eisai Ltd.）を設立 |
| 1990年10月 | 三光純薬株式会社（後にエーディア株式会社に改称）と診断薬事業での業務提携契約に調印 |
| 1992年4月 | 米国に米州持株会社（Eisai Corporation of North America）を設立 |
| 1995年2月 | 米国にEisai Pharmatechnology, Inc.（当時）を設立 |
| 1995年4月 | 米国にEisai Inc.を設立 |
| 1995年10月 | 英国にEisai Ltd.を設立 |
| 1996年1月 | フランスにEisai S.A. （現 Eisai S.A.S.）を設立 |
| 1996年3月 | 中国に衛材（蘇州）製薬有限公司（現 衛材（中国）薬業有限公司）を設立 |
| 1996年4月 | エルメッド エーザイ株式会社を設立 |
| 1997年4月 | 株式会社カン研究所を設立（後に当社へ吸収合併） |
| 2002年6月 | 米国にEisai Medical Research Inc.（現 Eisai Inc.）を設立 |
| 2004年6月 | 委員会等設置会社（現 指名委員会等設置会社）へ移行 |
| 2004年10月 | 英国に欧州統括・持株会社（Eisai Europe Ltd.）を設立 |
| 2007年3月 | 英国にEisai Manufacturing Ltd.を設立 |
| 2007年4月 | 米国のMorphotek, Inc.を買収（後にEisai Inc.へ吸収合併） |
| 2007年10月 | 三光純薬株式会社（後にエーディア株式会社に改称）を株式交換により完全子会社化 |
| 2008年1月 | 米国のMGI PHARMA, INC.を買収（後にEisai Inc.へ吸収合併） |
| 2010年12月 | 米国にH3 Biomedicine Inc.を設立（後にEisai Inc.へ吸収合併） |
| 2014年3月 | 美里工場を武州製薬株式会社（埼玉県）に事業譲渡 |
| 2014年11月 | 中国に中国統括・持株会社（衛材（中国）投資有限公司）を設立 |
| 2015年12月 | エーディア株式会社を積水化学工業株式会社（大阪府）に譲渡 |
| 2016年4月 | 当社の日本国内の消化器疾患領域に関連する事業の一部を分割し、味の素製薬株式会社（東京都）を承継会社とする吸収分割の方法により、新統合会社「EAファーマ株式会社」を発足 |
| 2019年4月 | エルメッド エーザイ株式会社を日医工株式会社（富山県）に譲渡 |
| 2019年7月 | 米国に探索研究所G2D2（Eisai Center for Genetics Guided Dementia Discovery）を設立し、本格稼働 |
| 2022年4月 | 東京証券取引所市場区分見直しにより、東京証券取引所市場第一部からプライム市場へ移行 |
| 2024年4月 | 当社が株式会社カン研究所を吸収合併 |