| 2003年1月 | 福岡県福岡市中央区に、個人向けホスティング事業を事業目的とした有限会社paperboy&co.を設立 |
| 2004年1月 | 「ロリポップ！」においてオンラインショッピングカート機能「Color Me Shop！mini」の提供を開始し、EC支援事業へ参入 ドメイン取得代行サービス「ムームードメイン」提供開始 |
| 2004年2月 | レンタルブログサービス「JUGEM」の提供を開始し、コミュニティ事業に参入 |
| 2004年3月 | 有限会社より株式会社へ組織変更 グローバルメディアオンライン株式会社(現 GMOインターネットグループ株式会社)を割当先とした第三者割当増資を実施し、同社の連結子会社となる |
| 2004年5月 | 本社を東京都渋谷区に移転 |
| 2005年2月 | ネットショップ構築ASPサービス「Color Me Shop！pro（現 カラーミーショップ）」提供開始 |
| 2005年11月 | クリエイター向けレンタルサーバー「ヘテムル」提供開始 |
| 2008年12月 | ジャスダック証券取引所（現 東京証券取引所JASDAQ市場（スタンダード））に株式を上場 |
| 2009年5月 | ホームページ構築ASPサービス「グーペ」提供開始 |
| 2012年1月 | ハンドメイド作品のオンラインマーケットサービス「minne」提供開始 |
| 2014年4月 | 株式会社paperboy&co.よりGMOペパボ株式会社へ商号変更 |
| 2015年6月 | CtoCハンドメイドマーケット「tetote」などを展開するGMOペパボオーシー株式会社（旧OCアイランド株式会社）を連結子会社化 |
| 2017年1月 | ハンドメイド事業の成長をさらに加速させるため、当社を存続会社としてGMOペパボオーシー株式会社を吸収合併 |
| 2018年4月 | 株式会社ベーシックが運営するオンデマンドオリジナルグッズ作成サービス「Canvath」事業を譲受 |
| 2018年9月 | 情報セキュリティ関連事業を目的としたGMOペパボガーディアン株式会社を設立 |
| 2019年2月 | フリーランス向け金融支援サービス「FREENANCE」などを展開するGMOクリエイターズネットワーク株式会社を連結子会社化 |
| 2019年12月 | 東京証券取引所市場第二部へ市場変更 |
| 2020年12月 | 東京証券取引所市場第一部に指定 |
| 2021年4月 | ブログメディアサービス「JUGEM」を事業譲渡 |
| 2022年4月 | 東京証券取引所プライム市場へ移行 |
| 2023年10月 | 東京証券取引所スタンダード市場へ移行 |