| 2005年8月 | 微細藻類ユーグレナの研究開発、製造、販売を目的として、東京都港区六本木に株式会社ユーグレナを設立 |
| 2005年12月 | ユーグレナの食品用途屋外大量培養に成功 |
| 2006年2月 | 食品の自社製品販売を開始し、ヘルスケア事業（食品）に参入 |
| 2006年3月 | 本店所在地を東京都港区虎ノ門に移転 |
| 2006年10月 | 食品のOEM製品の販売を開始 |
| 2007年4月 | 本店所在地を東京都文京区本郷「東京大学アントレプレナープラザ」に移転、研究所を設置 |
| 2007年8月 | 東京都渋谷区桜丘町に本社機能を移転 |
| 2008年12月 | 化粧品のOEM製品の販売を開始し、ヘルスケア事業（化粧品）に参入 |
| 2011年11月 | 株式取得により、八重山殖産株式会社を関連会社化 |
| 2012年4月 | 東京都文京区後楽に本社機能を移転 食品を中心としたブランド「ユーグレナ・ファーム」のインターネット販売を開始 |
| 2012年10月 | 沖縄県石垣市白保に生産技術研究所を設置 |
| 2012年12月 | 東京証券取引所マザーズに上場 |
| 2013年3月 | 八重山殖産株式会社の株式取得（現・連結子会社） |
| 2013年10月 | バングラデシュ人民共和国ダッカに事務所を開設 |
| 2014年4月 | 本店を東京都文京区後楽に移転し、中央研究所を神奈川県横浜市鶴見区に移転 |
| 2014年12月 | 東京証券取引所市場第一部に上場 |
| 2015年3月 | 本店所在地を東京都港区芝に移転 Grameen euglena（バングラデシュ人民共和国ダッカ市、旧社名Grameen Yukiguni Maitake.Ltd）の株式取得（現・連結子会社） |
| 2015年9月 | 株式会社エポラの株式取得（現・連結子会社） ユーグレナ竹富エビ養殖株式会社（旧社名竹富エビ養殖株式会社）の株式取得（現・連結子会社） |
| 2017年10月 | 株式会社ジーンクエストの株式取得（現・連結子会社） |
| 2018年10月 | 神奈川県横浜市鶴見区でバイオジェット・ディーゼル燃料製造実証プラント竣工 |
| 2019年6月 | 株式会社MEJの株式取得（現・連結子会社） |
| 2020年8月 | 創業15周年を機にCIを刷新、ユーグレナ・フィロソフィー「Sustainability First」を制定 |
| 2021年3月 | 株式会社LIGUNAの株式取得（現・連結子会社） |
| 2021年5月 | キューサイ株式会社の連結子会社化 |
| 2021年6月 | 国土交通省が保有する飛行検査機にて、当社バイオジェット燃料による初フライト成功 |
| 2021年8月 | 定款上の事業目的についてSDGsを反映したものに全面改訂 |
| 2021年12月 | 大協肥糧株式会社の株式取得（現・連結子会社） |
| 2022年3月 | マレーシア国クアラルンプール市にEuglena Malaysia SDN.BHD.を設立（現・連結子会社） |
| 2022年4月 | 東京証券取引所プライム市場への市場区分変更 |
| 2022年7月 | 株式会社はこの株式取得（現・連結子会社） |