| 1970年5月 | 沖縄県那覇市に株式会社サンエーを設立（資本金50千ドル） |
| 1970年7月 | 総合衣料セルフサービス店「那覇店」を開店 |
| 1972年5月 | 本土復帰に伴う通貨の切換えにより、資本金は24,400千円となる |
| 1982年9月 | サンエー運輸株式会社（非連結子会社）を設立（資本金10,000千円） |
| 1984年11月 | 沖縄県宜野湾市に大山流通センターを新設 |
| 1985年5月 | 沖縄県宜野湾市大山に本社を移転 |
| 1985年6月 | 大山流通センター内に生鮮加工センター（現 食品加工センター）を開設 |
| 1989年9月 | ニチリウ（日本流通産業株式会社）グループに加盟 |
| 1992年9月 | 食品加工センター内に食品工場稼動 |
| 1995年4月 | 株式会社ダイイチ（現 株式会社エディオン）とフランチャイズ契約を締結し、家電販売を開始 |
| 1998年10月 | 「サンエーカード」（ポイントカード）を導入 |
| 2000年9月 | 日本証券業協会に店頭登録 |
| 2002年1月 | 株式会社ジョイフルとフランチャイズ契約を締結 |
| 2002年10月 | 沖縄県那覇市に「那覇メインプレイス」（売場面積32,312㎡（現 37,110㎡））を開店 |
| 2003年10月 | 「サンエーＶＩＳＡカード」（クレジットカード（株式会社オークス（現 株式会社ＯＣＳ）提携））を導入 |
| 2005年2月 | 東京証券取引所市場第二部に上場 |
| 2006年2月 | 東京証券取引所市場第一部に上場 |
| 2006年7月 | ＩＳＯ２２０００認証取得（食品加工センター） |
| 2006年10月 | 株式会社マツモトキヨシとフランチャイズ契約を締結 |
| 2007年10月 | 創業店舗「那覇店」（2007年２月閉店）をドラッグストアに業態転換 |
| 2008年2月 | 「サンエーＥｄｙカード」（プリペイド型電子マネーＥｄｙ（ビットワレット株式会社（現 楽天Ｅｄｙ株式会社）運営））を導入 |
| 2009年3月 | イートアンド株式会社と「大阪王将」のフランチャイズ契約を締結 |
| 2009年12月 | 株式会社ローソンとの合弁会社「株式会社ローソン沖縄」（当社持分比率51％）が、沖縄県内におけるコンビニエンスストアのフランチャイズシステム及び直営店の運営を開始 |
| 2012年3月 | 株式会社東急ハンズ（現 株式会社ハンズ）とフランチャイズ契約を締結 |
| 2012年11月 | タリーズコーヒージャパン株式会社とフランチャイズチェーン加盟店契約を締結 |
| 2013年8月 | 株式会社良品計画と無印良品ライセンスト・ストア基本契約を締結 |
| 2015年11月 | 「株式会社サンエー浦添西海岸開発」(当社持分比率100％)を設立 |
| 2016年12月 | 株式会社パルコとの合弁会社「株式会社サンエーパルコ」（当社持分比率51％）を設立 |
| 2018年7月 | 株式会社赤ちゃん本舗と「アカチャンホンポ」のパッケージライセンス等基本契約を締結、株式会社マーメイドベーカリーパートナーズと「リトルマーメイド」のフランチャイズ契約を締結 |
| 2019年6月 | 沖縄県浦添市に「サンエー浦添西海岸PARCO CITY」（売場面積58,361㎡）を開店 |
| 2022年4月 | 東京証券取引所市場第一部よりプライム市場へ移行 |