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1987年4月
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日本国有鉄道改革法（昭和61年法律第87号）により、北海道旅客鉄道株式会社、東日本旅客鉄道株式会社、東海旅客鉄道株式会社、西日本旅客鉄道株式会社、四国旅客鉄道株式会社、九州旅客鉄道及び日本貨物鉄道株式会社が設立され、日本国有鉄道は日本国有鉄道清算事業団（現独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構（以下「鉄道・運輸機構」という。））に移行
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1988年2月
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山野線（水俣～栗野55.7km）廃止 |
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1989年4月
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「ジェイアール九州オーエーサービス㈱」設立（2005年11月に「JR九州システムソリューションズ㈱」（2003年3月設立、現連結子会社）へ合併）
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1990年6月
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「ジェイアール九州コンサルタンツ㈱」設立（現「JR九州コンサルタンツ㈱」（現連結子会社）） |
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1991年3月
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国際航路（博多～釜山）営業開始 |
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1992年4月
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「㈱トランドール」設立（現連結子会社） |
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1995年6月
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「小倉ターミナルビル㈱」設立（現「㈱JR小倉シティ」（現連結子会社）） |
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1996年2月
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「ジェイアール九州リーテイル㈱」設立、流通事業を譲渡（現「JR九州リテール㈱」（現連結子会社）） |
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1998年4月
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「㈱九州交通企画」(現「JR九州サービスサポート㈱」（現連結子会社））へ「九鉄開発㈱」を合併 |
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1999年4月
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「ジェイアール九州都市開発㈱」設立（現「JR九州ホテルズ㈱」（現連結子会社)) |
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2000年1月
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筑肥線（姪浜～肥前前原12.7km）複線化開業 |
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2001年2月
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「ジェイアール九州バス㈱」設立、自動車事業を譲渡（現「JR九州バス㈱」（現連結子会社）） |
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2002年6月
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「三軌建設㈱」の株式取得、子会社化（現連結子会社)
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2003年1月
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「JR九州ライフサービス㈱」設立（現連結子会社） |
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2004年3月
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「JR九州システムソリューションズ㈱」設立（現連結子会社）
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2005年7月
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九州新幹線（新八代～鹿児島中央137.6km）開業、鹿児島本線（八代～川内116.9km）を肥薩おれんじ鉄道(株)へ移行 |
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2007年5月
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「JR九州高速船㈱」設立（現連結子会社）、船舶事業を譲渡
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2010年3月
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「九州鉄道リネンサービス㈱」の株式取得、子会社化（現「JR九州リネン㈱」（現連結子会社）） |
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2011年3月
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「上海捷尔餐饮管理有限公司」設立（現連結子会社） |
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2013年6月
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九州新幹線（博多～鹿児島中央288.9km）全線開業、JR博多シティ開業 |
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2014年7月
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「JR九州シニアライフサポート㈱」設立（現連結子会社） |
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2016年1月
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グループ会社の農業部門を集約し、農業生産法人「JR九州ファーム㈱」（現連結子会社）発足 |
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2017年4月
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分鉄開発㈱の旅館事業をJR九州ホテルズ㈱に承継し、JR九州フードサービス㈱へ吸収合併
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2018年7月
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「JR九州メンテナンス㈱」の車両事業等を「㈱ケイ・エス・ケイ」へ吸収分割して、「JR九州エンジニアリング㈱」（現連結子会社）に商号変更するとともに、「JR九州鉄道営業㈱」を「JR九州メンテナンス㈱」へ吸収合併して、「JR九州サービスサポート㈱」（現連結子会社）に商号変更
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2019年4月
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駅ビル会社及びホテル会社をそれぞれ統括する中間持株会社として、「JR九州駅ビルホールディングス㈱」（現連結子会社）及び「JR九州ホテルズアンドリゾーツホールディングス㈱」（現連結子会社）設立 |
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2020年2月
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「㈱JR熊本シティ」設立（現連結子会社） |
