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2003年7月
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山形県鶴岡市末広町に資本金1千万円で会社設立
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2004年6月
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味の素株式会社と共同研究契約を締結
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2005年6月
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Agilent Technologies, Inc.（米国）とメタボロミクスソリューション共同開発に向けて提携
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2005年11月
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東京都中央区に東京事務所を開設
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2006年2月
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人材派遣事業を開始
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2006年5月
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横河アナリティカルシステムズ株式会社（現アジレント・テクノロジー株式会社）とメタボロミクスキットの販売を開始
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2009年5月
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若手研究者のための奨学助成制度「HMTメタボロミクス先導研究助成制度」を創設
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2012年8月
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がん研究向け解析サービス“C-SCOPE”発表
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2012年10月
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アメリカ合衆国マサチューセッツ州に販売子会社Human Metabolome Technologies America, Inc.を設立
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2013年9月
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学校法人慶應義塾と肝臓疾患のバイオマーカーに関する特許実施許諾契約を締結
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2013年12月
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東京証券取引所マザーズへ上場
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2014年9月
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独立行政法人がん研究センター他4者と抗がん剤コンパニオン診断バイオマーカーに関する共同研究契約を締結
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2014年10月
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発明「脂肪性肝疾患を診断するためのバイオマーカー、その測定方法、コンピュータプログラム、および、記憶媒体」が日本国内において特許登録（特許第5636567号）
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2015年1月
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発明「エタノールアミンリン酸の測定方法」が日本国内において特許登録（特許第5688163号）
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2015年2月
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発明「Biomarker of depression,method for measuring biomarker of depression, Computer program, and recording medium」がアメリカ合衆国において特許登録（US8951739）
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2015年4月
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発明「うつ病のバイオマーカー、うつ病のバイオマーカーの測定法、コンピュータプログラム、及び記憶媒体」が中国において特許登録（ZL201080046087.6）
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2015年9月
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シスメックス株式会社とうつ病バイオマーカーに係る特許通常実施権許諾契約を締結
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2015年11月
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発明「腎臓病診断用マーカー及びその利用」が日本において特許登録（特許第5832425号）
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2016年1月
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神奈川県横浜市にバイオマーカー事業を展開するHMTバイオメディカル株式会社を設立
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2016年3月
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人材派遣事業を廃止
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2016年5月
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エムスリー株式会社と資本業務提携契約を締結
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2016年6月
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エムスリー株式会社、株式会社平田牧場、株式会社山形銀行及び株式会社荘内銀行に対する第三者割当増資を実施
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2017年2月
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HMTバイオメディカル株式会社において体外診断用医薬品製造販売業の許可を取得
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2017年5月
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オランダ南ホラント州ライデンに販売子会社Human Metabolome Technologies Europe B.V.を設立
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2017年10月
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発明「脳症の検出方法」が日本において特許登録（特許第6211283号）
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2018年1月
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公益社団法人日本精神神経学会の学術雑誌「Psychiatry and Clinical Neurosciences」に大うつ病性障害バイオマーカーに関する論文掲載
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2019年5月
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発明「Phosphoethanolamine as biomarker of depression」が欧州において特許登録（10808255.3）
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